员工辞职当月，公司负责缴纳的那部分社保，是否违法？

大部分都是违法的。1、有下列情形之一的用人单位可以代扣劳动者工资:(一)用人单位代扣代缴的个人所得税:(2)用人单位代扣代缴的各种社会保险费用由劳动者个人承担;(3)法院判决、裁定中要求扣除的抚养费、赡养费(4)法律法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。2、因劳动者自身原因给用人单位造成经济损失的用人单位可以按照劳动合同要求赔偿经济损失。经济损失的赔偿可以从工人本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果扣除剩余工资低干当地目最低工资标准的按最低工资标准支付。
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要看劳动合同的约定
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劳动法规定，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此扣工资一般属于违法的。但是，有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。